El órgano mayor ocupa el cuerpo principal del órgano, abarca las dos fachadas y es el sistema más complejo del órgano. Compuesto por los secretos, tablones acanalados secretillos elevados y toda la tubería de sus 18-20 registros actuales.
La compleja distribución de la tubería tiene unos objetivos claros en su origen y algo difuminados por las reformas
La distribución de la tubería obedece al orden de las notas en el secreto que van en mitra, con los bajos de cada mano en el centro.
Ningún tubo va sobre el propio secreto tanto la tubería de fachada como la interior va desplazada bien por tablones acanalados, bien por conductos. El objetivo del desplazamiento de la tubería interior es que toda ella cante al nivel de los Flautados de fachada y no queden encerrados al fondo y detrás de los tablones y paneles del mueble. Este hecho complica mucho todo el sistema de conducciones y secretillos.
Actualmente el acceso a la tubería para los trabajos de afinación no es nada práctico ni seguro. Se aprecian modificaciones del planteamiento original aunque todavía es pronto para identificarlas con precisión.
