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La Consola
Consta de tres teclados manuales de 49 notas y un teclado de contras diatónicas de 8 notas y dos timbales.
Tiene 75 medios registros repartidos en bajos y tiples y en los tres teclados. También Contras de 26 y de 13 y un temblante. Registros partidos entre el Do y Do#3.
Los teclados no son los originales sino que corresponden a la intervención de OESA, están chapados en ébano los naturales y hueso en el lomo de las alteraciones.
Las etiquetas se han repuesto, conservándose todas las anteriores bien en su lugar o como documentación.
El banco del organista se alojaba en la propia cadereta. Las luces para el atril y los registros se han situado detrás donde estuvieron los candelabros.
El Mueble
El mueble es de grandes dimensiones: 17 metros de altura, 8,5 metros de ancho y 3,5 metros de fondo en algunas zonas de su perímetro.
Diseñado y construido por el propio Fernández Dávila es uno de los muebles barrocos más destacables de las catedrales españolas un conjunto extraordinario con el órgano del evangelio.
Mecánicas y arquitectura interior
La arquitectura interior y mecánicas están dispuestas según el plan inicial de Fernández Dávila o muy próximo. En todos sus aspectos ha sufrido modificaciones a lo largo de los siglos unos más acusados que otros pero es perfectamente identificable el estado de origen y las intervenciones posteriores, conservando una parte importante de la enorme estructura del órgano.
Órgano Mayor
Ubicado en el cuerpo principal y en la posición habitual vierte a las dos fachadas y contaba con 22 registros en origen
El Flautado de 26 va completo en fachada, si bien parte de la primera octava, en madera, lleva cinco tubos en la fachada con media caña de metal y el resto en el interior del cubo izquierdo. Lleva tablón acanalado para todo el juego. Se trata de la tubería original del órgano, con los espectaculares escudos característicos de Leonardo Fernández Dávila.
En la fachada del respaldo lleva el segundo Flautado de 13 ya que el primero va completo en el interior.
La lengüetería exterior se extiende por las dos fachadas.
El plenum, solistas y lengüeta interior van en un cuerpo elevado sobre el secreto cantando todos ellos al mismo nivel que los flautados de fachada
Cadereta exterior
Es una cadereta de espalda. El secreto va desde la línea del teclado, donde va el arca de viento, hasta el interior del cuerpo de la cadereta, pasando por debajo del asiento del organista.
El espacio interior es muy ajustado para los juegos que lleva y su precaria organización es la única posible en tan estrecho espacio.
Cadereta interior
En origen era un órgano de eco y vuelve a serlo. Responde a la interpretación hecha por OESA de este teclado que había desaparecido en la reforma de Aquiles Ghys. La base de este teclado es un flautado tapado. El secreto parece ser el original pero quizás del órgano del evangelio, recuperado de los despojos de la intervención de Ghys.
La Tubería
La tubería es en buena parte la original de Leonardo Fernández, pero Hay una parte reincorporada por OESA en 1972 que se ha conservado Tapadillo y 15ª de la cadereta interior.
Otra sección de tubería nueva se ha construido para completar juegos o registros de nueva de nueva incorporación.
Los fuelles
Los fuelles son seis, de 5 pliegues y de cuña. Uno de ellos es de uso exclusivo para las contras.