Mueble
La caja ha sufrido importantes modificaciones en la reforma del instrumento ya que para introducir la lengüetería e incorporar el tablón acanalado del flautado de fachada fue necesario bajar la posición del secreto. Sobre esta ventana se añadieron tres peanas semicirculares con los boquilleros de la lengüetería.
El cuerpo superior conserva la estructura y ornamentación originales.
Sobre este cuerpo luce entre dos pináculos el escudo de armas del duque de Lerma.
Los fondos están pintados al temple en colores rojizos, rosas, verdes y ocres.
Las tallas están policromadas.
El respaldo está resuelto con lienzos pintados al óleo.
La conservación era bastante mala si la comparamos con su pareja de la epístola pues las reformas afectan a su estructura y mayor desgaste en la ornamentación.
Mecánica
Toda la máquina, secretos, tablones, teclados y sus mecánicas son construidas cuando se reforma el órgano y como corresponde al su hechura ‘a lo moderno’ , el secreto es cromático, con todos los registros partidos y tablones acanalados para los juegos que llevan la tubería desplazada del secreto.
Tubería
La tubería del órgano del Evangelio conforma un conjunto muy singular , ya que aunque se replantea toda ella al reformar el órgano, buena parte de ésta se rehace y otra se construye nueva pero a partir de la tubería de origen y presumiblemente con los caños del órgano de la Epístola. La lengüetería de fachada, evidentemente del siglo XVIII está construida en estaño casi puro, metal solo empleado en el siglo XVII. A pesar de todo conserva algunos tubos de 1617 intactos.
Fuelles
Los fuelles, perdidos los originales se componen de tres fuelles de cuña nuevos con su accionamiento manual.
Armonización a presión baja a pie abierto en la mayor parte de los juegos y de dulce y personal carácter.